Histoire: L'aménagement du haut Rhône est initialement envisagé dans le but de rendre navigable les gorges entre Seyssel et le Léman. Entre 1635 et 1843, une dizaine de projets sont étudiés sans résultat. Louis Dumont envisage en août 1892 la construction d'une centrale en dessous d'Arlod. Le début du XXe siècle voit cinq projets inaboutis de barrages hydroélectrique entre l'étroit du Malpertuis et le pont de Grésin (en amont de Bellegarde-sur-Valserine).

Le site de Génissiat est pour la première fois évoqué par le projet de 1906 des ingénieurs Blondel, Harlé et Mähl. Il n'est engagé véritablement qu'en 1933 sous l'impulsion de deux hommes : le sénateur Léon Perrier et Édouard Herriot, ancien président du Conseil et maire de Lyon.

Créée en 1933 par Perrier et Herriot, la Compagnie nationale du Rhône (CNR) reçoit l'année suivante de l'État la concession du Rhône pour une période de 75 ans. Le cahier des charges impose à la CNR, outre la production d'électricité, de se consacrer aux autres usages du fleuve (navigation, irrigation). Génissiat va être sa première construction de barrage sur le Rhône car il promet d'être rapidement rentable ce qui permettra à la CNR de financer les autres grand travaux prévus.

Choix du site: La localisation du barrage a été longtemps indécise et a vu, lors du projet de 1906, des géologues de renom (messieurs Wilfrid Kilian, Édouard-Alfred Martel et Maurice Lugeon) avoir des échanges assez vifs. Édouard-Alfred Martel estimant que les sites de la perte du Rhône (en amont de Bellegarde-sur-Valserine) et de Malpertuis (en amont d'Injoux-Génissiat) révélaient l'existence de profondes fissures rendant la construction de grands barrages impossible et considérait que tous les massifs calcaires étaient minés par les infiltrations d'eau. Il terminait en 1911 une présentation devant la Société d'Agriculture, Science et Industrie de Lyon par : « …je me refuserais à discuter avec les géologues qui persisteraient à nier ces évidences définitivement acquises ». Maurice Lugeon réagit en traitant Martel d'amateur et en affirmant que le barrage de Génissiat, sans être entretenu, durerait 7 000 ans. Il faut dire qu'il avait procédé à plusieurs sondages et creusements de galeries sur le site qui lui avaient permis de vérifier l’homogénéité de la roche. Il était également d'avis qu'un barrage en amont des pertes du Rhône était irréalisable à cause de l'érosion rapide du site vers l'amont (70 m par siècle).

Le site des pertes sera définitivement éliminé après le percement en 1935 de trois galeries de reconnaissance sur la rive gauche qui révéleront que le sous-sol est totalement bouleversé par d'anciennes mines de phosphate.

La version avec deux barrages plus petits ayant été éliminée pour sa complexité et son coût le choix se réduit à l'étroit de Malpertuis et au verrou de Génissiat.

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